Debido a la gran pobreza que sufren la mayoría de los habitantes de Sudán, Médicos sin Fronteras, realizan un gran trabajo atendiendo a los habitantes de zonas conflictivas o regiones remotas con apenas acceso a la asistencia sanitaria.
Todavía hay combates esporádicos y ataques de bandidos en Darfur, lo que dificulta el acceso a los necesitados de atención sanitaria. Muchas personas que han huido de la violencia aún no han podido regresar a sus hogares. En 2011 MSF mantuvo cinco proyectos médicos, y ello a pesar de la inseguridad y de las dificultades administrativas que obligaron al personal internacional a realizar visitas relámpago para formar, atender y garantizar la calidad de la atención médica.
En Darfur del Sur, tras una evaluación en la zona de Shaeria, se abrió en marzo un proyecto nutricional que trató a 469 niños. Debido a las tensiones intertribales, se vio que el hospital y las clínicas rurales abandonadas de la zona necesitaban más refuerzo. MSF puso en marcha un proyecto de apoyo integral al Ministerio de Sanidad en Shaeria. El equipo empezó a tratar pacientes a principios de 2012.
Entre noviembre de 2010 y marzo de 2011, MSF colaboró en la respuesta del Ministerio de Sanidad a las graves inundaciones en Marafit y alrededores, en el Estado del Mar Rojo, fronterizo con Eritrea. Se distribuyeron kits de ayuda a 200 familias y una tonelada de alimentos enriquecidos a 1.500 niños en riesgo de desnutrición. En junio, tras observar un gran número de casos de sarampión, el equipo en el hospital de Tabarak Allah realizó una campaña de vacunación junto con las autoridades. Fueron vacunados 44.800 niños y 620 tratados.
